Mohenjo-daro adalah sebuah binaan purbakala yang luar biasa, kerana mempunyai susun atur terancang yang berasaskan grid jalanan yang tersusun mengikut corak yang kemas sekali. Pada kemuncaknya, kota ini barangkali diduduki kira-kira 35,000 orang. Binaan-binaan di kota ini begitu maju, dengan struktur-struktur yang terdiri daripada batu-bata buatan lumpur dan kayu bakar terjemur matahari yang sekata saiznya.

Bangunan-bangunan awam di kota-kota ini adalah tanda masyarakat yang sangat terancang. Binaan yang bergelar Jelapang Besar di Mohenjo-daro mengikut tafsiran Sir Mortimer Wheeler pada tahun 1950 direka dengan ruang-ruang untuk menyambut pedati yang menghantar hasil tanaman dari desa, dan juga terdapat salur-salur untuk mengedarkan udara di bawah bijian dalam jelapang untuk mengeringkannya. Namun demikian, Jonathan Mark Kenoyer memperhatikan bahawa tiada bukti pernah adanya bijian dalam "jelapang" ini. Oleh itu, Kenoyer mengatakan lebih wajar diberikannya nama "Dewan Besar".[9]

Berhampiran jelapang tersebut ada sebuah lagi binaan awam yang pernah berfungsi sebagai permandian awam besar, dengan tetangga yang turun ke arah kolam berlapik batu-bata di dalam halaman berderetan tiang. Kawasan permandian berhias ini memang tegap sekali dengan selapisan tar semulajadi yang menghambat kebocoran, di samping sebuah kolam di tengah-tengah. Kolam yang berukuran 12m x 7m, dengan kedalaman 2.4m ini barangkalinya digunakan untuk upacara keagamaan atau kerohanian.

Di dalam kota, rumah-rumah disalurkan air dari perigi. Sesetengah rumah ini dilengkapi bilik yang kelihatan diuntukkan untuk bermandi. Air buangan disalurkan ke longkang tertutup yang membarisi jalan-jalanan utama. Pintu masuk rumah hanya menghadap halaman dalam dan lorong-lorong kecil. Terdapat berbagai-bagai binaan yang hanya setinggi satu dua aras.

Sebagai kota pertanian, Mohenjo-daro juga bercirikan perigi besar dan pasar pusat. di samping sebuah binaan yang ada genahar bawah tanah (hipokos) yang mungkin sekali digunakan untuk pemanasan mandi.

Mohenjo-daro adalah sebuah kota yang cukup berkubu. Biarpun tiada tembok kota, namun adanya menara di barat petempatan utama, dan perkubuan pertahanan di selatan. Memandangkan pengubuan sedemikian serta struktur kota-kota lain di Lembah Indus seperti Harappa, menimbulkan persoalan sama ada Mohenjo-daro memang sebuah pusat pentadbiran. Harappa dan Mohenjo-daro berkongsi susun atur seni bina yang agak mirip, dan tidak berkubu kuat seperti tapak-tapak lain di Lembah Indus. Jelas sekali dari keirasan susun atur kota di semua tapak-tapak Indus, bahawa pernah adanya suatu kepusatan politik atau pentadbiran, cuma tidak jelas lagi sejauh manakah benarnya dan fungsi-fungsi pusat pentadbiran tersebut.

Mohenjo-daro dimusnahkan dan dibina semula bersilih ganti sekurang-kurangnya tujuh kali. Setiap kali, kota baru dibina terus di atas kota lama. Pembanjiran dari Sungai Indus disangka menjadi punca kemusnahan.

Kota ini terbahagi kepada dua bahagian, iaitu Kubu Kota dan Kota Rendah. Kebanyakan kawasan Kota Rendah masih belum ditemui, tetapi sememangnya Kubu Kota ini ada sebuah permandian awam, sebuah struktur perumahan besar yang direka untuk menempatkan 5,000 warga, dan dua buah dewan perhimpunan besar.

Mohenjo-daro, Harappa dan tamadun masing-masing, lenyap tanpa kesan dari sejarah sehingga ditemui semula pada 1920-an. Kerja penggalian besar-besaran dilakukan di situ pada 1920-an, namun tiada penggalian mendalam yang dijalankan sejak 1960-an.